「TBtools-Plugin」用shinyApp体验调参侠的日常工作-WGCNA shiny尝鲜版

失踪人口回归... 鸽了近半年,终于又要更新推文了...
上次说过要把WGCNA后续的模块整理完成。这个工作其实过年的时候就做的差不多了,只是没有写成插件释放。前两天啃了些资料怎么制作R包,然后把我自己搞的辣眼睛的function打包了放在github。然后这个WGCNA的插件才顺利诞生,没有难产。

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插件安装

目前可以在我的gitee仓库下载,后续会在高速插件商店上架,到时候直接在软件内下载即可。
这个插件安装比较麻烦,因为依赖太多了!!! shiny相关的,WGCNA相关,tidyvers家族。还有我写的那个辣眼睛的插件专用函数包github地址
如果不用插件的话,可以去WGCNA-shinyApp下载脚本,在Rstudio中运行,或者在terminal中

Rscript WGCNAbyClick.v1.R

直接运行Shiny App

安装时报错解决方案

  • 校园网的话大概率会出现网络问题,我在家装插件就没遇见过问题😭,但是在所里就老出错,老样子,连热点,换wifi啥的多试几次
  • 目前发现第一次安装多少会出现点问题,但是多装几次就ok了。
  • xfun版本问题,静等清华镜像更新。
  • xxx退出状态不是0,可能是包版本和R版本的冲突。这个动手能力强的话可以自行百度解决。
  • 【谨慎操作】各种方法都没法搞定,各种奇葩报错的话,可能是一些奇怪操作把TBtools的R环境给搞凌乱了。win用户可以进c盘下的用户文件夹,选择你当前用户名的文件夹可以看见一个.TBtools的文件进去后删掉Rserver文件夹,这样你TBtools中R环境就删掉了,重新再群里下载Rserver插件重新安装,安装好后再安装其他基于R的插件。mac用户插件在~/.TBtools/.plugin这么操作的话你之前装的基于R的插件会重新安装依赖包,所以谨慎操作

准备工作

建议按照BLAS加速R矩阵计算帖子加速R的矩阵运算速度,可以将WGCNA在计算TOM矩阵的速度提高100倍。如果不这么搞,可能你计算10000个基因的WGCNA需要等上40分钟-1小时,如果用强化版的blas,也就一分钟出结果。

插件结构


大体还和之前OneStepWGCNA的一样,多了后续的分析,更有助于hubgene的挖掘。

使用方法

插件安装完成后运行会弹出网页。

这个后续录个视频讲吧... 如果截屏写博客估计累死....

最后have fun

ps: 正在鼓捣final cut pro. 后续会有详细视频讲解。目前大家先安装上玩玩吧.
估计有会鸽一段时间。等尘埃落定,一定在会完善他!