写在前面的废话
之前有老铁在群里问kegg的气泡图能不能整，其实基于TBtools-kegg富集结果的气泡图代码很早就撸好了，无非就是GO气泡图代码中数据清洗的时候改改df索引位置。后面一毛一样。
大家好像还是比较喜欢这种视觉冲击力强的图，确实在投文章的时候也能会加分。所以后来慢慢从搬运代码到自己用ggplot2实现，最终是山寨了一下...
当然，如果要原汁原味的bubble plot还是推荐用Y叔的clusterProfiler包。这里放一个我之前基于所里测陆地棉TM-1v2的OrgDB,喜欢折腾的小伙伴可以玩一下，不过kegg目前无解，kegg数据库里收录的陆地棉的注释实在是太老了。
参数
这次干脆一勺烩了，柱状图，气泡图，基于GOplot那几个弦图，热图数据清洗起来有点麻烦，应该近期不会整....
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input file 输入文件：
- 如果是TBtools 生成的GO和KEGG结果，直接把输出的文件拖进来就好。注意如果GO富集分析想分别按照GOterm类别可视化，需要输入padj校正过的那个文件。
- 如果自己定制的（customized）需要按照下表整理：表头写啥无所谓，顺序一定要正确！
| GO_Name | Gene_ratio | HitsGenesCountsInSelectedSet | corrected p-value(BH method) |
|----------------------------------------------------------------------------------------------|-------------|------------------------------|------------------------------|
| steroid dehydrogenase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor | 0.004023409 | 11 | 0.496511055 |
| quinone binding | 0.004754938 | 13 | 0.281163809 |
| indole-3-acetic acid amido synthetase activity | 0.002560351 | 7 | 0.394598487 |
| peptide receptor activity | 0.001828822 | 5 | 0.441252581 | -
Term Number: 你想展示的GO term 或者KEGG Pathway数量，有时候富集分析结果会非常多，几百个结果全画出来不可能，这里筛选的条件就是Qvalue排名前
Term number的数量。 -
Input Data Form： 输入数据的格式，有三个选项
- TBtools_GO
- TBtools_KEGG
- customized
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Graph type: 你想画什么图
- Bubble， 气泡图
- bar， 柱状图
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min/max： 颜色是由Qvalue的大小定义的，越小越显著，这里是颜色变化范围的定义，从min到max渐变。
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output file label： 输出文件标签，为了区分你做的不同结果。
使用方法
这个.... 拖进去，选好参数，点点点，然后看结果...
颜色方面...推荐下TBtools的colorPicker在
Graphics -> color palette ->colorpicker
复制代码
选中一个颜色后复制类似#fb8072这种颜色代码，关闭colorpicker，粘贴到min或者max中。
多图预警
下期预告
下期会增加一个OneStepWGCNA的伴侣插件，有朋友反映如果取不到合适的power官网提供的那个经验power过于智障，想自己选择power构建...那么初步想法是把第一步跑完的结果写一个Rdata出来，然后扔到伴侣插件调参，包括power,最小module size，用新的traitdata和datExpr关联，还有后续关注的模块的GS MM，hub基因等...
毕竟不能辱没了我调包狗，调参侠的名头...
